Nach der Eroberung durch Alexander den Großen erfolgte die Hellenisierung von Byblos in kürzester Zeit und Griechisch wurde die Sprache der Gebildeten. In der Hellenistischen Epoche (330 bis 64 v. Chr.) übernahm die Bevölkerung griechische Sitten und Kultur, woran sich auch in der römischen Zeit kaum etwas änderte.

Die Römer übernahmen 64 v. Chr. unter der Führung von Pompeji die Herrschaft über Byblos und die anderen phönizischen Küstenstädte und behielten sie bis 395 n. Chr. Während dieser Zeit entstanden große Tempel, öffentliche Bäder und Gebäude als auch eine auf beiden Seiten von Kolonnaden begleitete Strasse, die ganz um die Stadt herumführte und von der noch Spuren vorhanden sind. Von der byzantinischen Epoche (395-637 n. Chr.) ist wenig erhalten, weil teilweise mit weichem Sandstein von bescheidener Qualität gebaut worden war. Darüber hinaus wurde das Baumaterial dieser Periode für Bauten späterer Zeit benutzt.

In der byzantinischen Zeit wurde Byblos Bischofssitz. Unter der arabischen Herrschaft ab 637 gab es für Byblos im Allgemeinen friedliche Zeiten, aber seine wirtschaftliche Bedeutung nahm in den folgenden Jahrhunderten ab. Archäologische Spuren aus dieser Zeit sind nicht sehr zahlreich.

Im Jahre 1104 fiel Byblos an die Kreuzritter und war ab 1109 ein Lehen der Grafschaft Tripoli. Die großen Steine und die Granitsäulen der römischen Bauwerke – einst waren sie Teil des Podiums eines Adonistempels – wurden für die Errichtung einer Burg und deren Graben verwendet. Dieser Bau ist eine der eindrucksvollsten Kreuzritterburgen der gesamten Levante und dominiert das antike Zentrum Byblos’.

Errichtet wurde die Burg, um den Küstenstreifen südlich von Tripoli abzusichern. Die Ausmaße sind gigantisch: Bei einer Grundfläche von 50 x 44 Metern ist der zentrale Donjon fast 20 m hoch. Verbaut wurden riesige, mehrere Meter lange und hohe Gesteinsblöcke, die sich in ihrer Größe nur mit denen von Baalbek messen können. Von den drei verbliebenen Ecktürmen aus hat man einen herrlichen Blick über das gesamte Ausgrabungsgebiet, welches vor dem modernen Jbeil unmittelbar an der Küste liegt.

Auf die Kreuzritter folgten die Mamelukken und dann die Osmanen, bis zum Zusammenbruch des türkischen Reiches am Ende des 1. Weltkrieges. Byblos war in jenen Zeiten nicht mehr als ein kleiner Fischerort, die antiken Ruinen verfielen.

Als Byblos ausgegraben wurde, hatte sich durch die aufeinander folgenden Städteepochen ein Hügel aus Schutt und Steinen angehäuft. Auf dem 12 m hohen Hügel standen wiederum Häuser. Es war Ernest Renan, der französische Schriftsteller und Gelehrte, der im Zuge einer systematischen Erfassung des Libanon das alte Byblos entdeckte. Von 1921 bis 1924 unternahm der französische Archäologe Pierre Montet Ausgrabungen in Byblos, die die Handelsbeziehungen mit dem pharaonischen Ägypten bestätigten, und von 1925 bis 1975 führte der Franzose Maurice Dunand sehr erfolgreiche Ausgrabungen durch.

Der Obeliskentempel, im Bild links vor der Kreuzritterburg, ist der einzige Bau des Grabungsareals, der von einem Zaum umgeben ist und nur von außen betrachtet werden kann. Um einen zentralen Obelisken herum wurden etliche kleinere sowie weitere Kultschreine angeordnet. Der Tempel wurde im 19. und 18. Jh. v. Chr. zu Ehren eines männlichen Gottes errichtet, ist also annähernd 4.000 Jahre alt.